Existen indicios de asentamientos fenicios y griegos, pero los principales testimonios estudiados proceden de la ocupación romana. Ptolomeo y Plinio atestiguan la existencia de un poblamiento de esta época, conocido en el itinerario romano como Ostium Fluminis Anae, que significa “las bocas del río Guadiana”. El nombre actual puede derivarse de los términos aya, vocablo ibérico, y de Montis, de origen romano, que para ambos casos significa monte, sitio elevado o colina. Del dominio romano tenemos como vestigios varios restos arqueológicos en Isla Canela y el antiguo Castillo, sobre cuyos cimientos se construyó posteriormente una fortaleza  árabe.

Durante el reinado de Alfonso X el Sabio, Ayamonte formó parte de la Corona de Castilla. Fue cedida a Portugal al acceder su hija Beatriz al trono. En 1335, fue adquirida definitivamente para el dominio de Castilla por el rey Alfonso XI. A partir de estas fechas Ayamonte se convierte en núcleo principal del Marquesado del mismo nombre, extendiéndose el marquesado hasta el río Piedras comprendiendo las villas de Lepe, La Redondela, San Silvestre de Guzmán y Villablanca.

Ayamonte, goza del título de ciudad desde el año 1664 por privilegio del rey Felipe IV.

Al igual que otras villas cercanas, Ayamonte colaboró activamente en el descubrimiento y colonización del nuevo continente americano. En el viaje del Descubrimiento acompañaron a Colón tres ayamontinos: González de Aguilar, Juan de Zamora y  Rodrigo de Xerez, que llegó a ser hombre de confianza del Almirante. Por estas fechas, la ciudad era  núcleo de notable  importancia en el litoral onubense. Cabeza de partido judicial desde la creación de la provincia en 1934, bajo cuya jurisdicción están otros seis municipios.

Su término municipal comprende las barriadas de Pozo del Camino, Isla Canela, Punta del Moral y Costa Esuri; limitando al norte con San Silvestre de Guzmán, al este con La Redondela e Isla Cristina, al sur con el océano Atlántico y al oeste con Portugal.

La gran afinidad de carácter, creencias e intereses con este país vecino, propició la creación de la  ‘’Eurociudad del Guadiana’’, que engloba los términos municipales de Villa Real de San Antonio, Castro Marím y Ayamonte.

Actualmente Ayamonte se orienta hacia la economía turística, debido a su ubicación estratégica y a sus espléndidas playas.